後期
在1998年紐約友好運動會（Goodwill Games）中，約翰遜參加4×400米接力，與隊友共同創下了世界紀錄2分54.20秒。後來隊友安東尼奧·派蒂葛魯（Antonio Pettigrew）被發現他從1997年開始就持續使用興奮劑，傑米·楊恩（Jerome Young）後來也被發現從1999年開始使用興奮劑[7]。國際田聯於2008年8月取消這次世界紀錄，並恢復到美國隊於1993年世界錦標賽創下的紀錄2分54.29秒[8]。
麥可·詹森在1999年受到傷病困擾，雖然他還是獲得1999年塞維利亞世界田徑錦標賽400公尺金牌。如果不是國際田聯兩年前成立的政策，麥可·詹森不可能參加塞維利亞世界田徑錦標賽。麥可·詹森第4次贏得400公尺冠軍，並創下新的世界紀錄（43.18秒）。
麥可·詹森在2000年雪梨夏季奧運200公尺決賽時受傷，這次受傷讓他無法獲得200公尺奧運金牌。但是麥可·詹森仍然贏得400公尺的金牌，使獲得奧運金牌數目上升到4面。他也在雪梨夏季奧運結束後正式退休。
雖然他於4×400接力賽中與隊友阿爾文·哈里森、安東尼奧·派蒂葛魯和卡爾文·哈里森共同獲得金牌，但是國際田徑聯合會（IAAF）於2004年7月18日裁定傑米·楊恩沒有資格在雪梨奧運中參賽，過去所有的比賽結果都被撤銷，包括成為接力隊的一員。因此美國隊被剝奪了金牌，尼日、牙買加和巴哈馬代表隊則都往前遞補一個名次[9]。
2005年7月22日，國際體育仲裁院推翻這一個決定，並恢復原來的名次[10]。接著在2008年6月，安東尼奧·派蒂葛魯於法庭上承認他為了獲勝使用禁藥，並同意退回他的金牌[11][7]。麥可·詹森也宣布他將退回金牌，他也說「由於派蒂葛魯在比賽中的所作所為，他覺得自己遭到欺騙、背叛並感到失望」[12]。
麥可·詹森在200公尺曾經六次創下19.80秒以內的成績，20秒以內則有23次[13]。在歷史上200公尺紀錄前50佳成績中，他擁有9次紀錄。麥可·詹森在400公尺曾經22次創下44秒以內的成績。在歷史上400公尺紀錄前50佳成績中，他擁有22次紀錄。在他的職業生涯中，他兩次打破200公尺世界紀錄，三次打破4×400米接力的世界紀錄，兩次創下400公尺的室內世界紀錄，一次400公尺的戶外世界紀錄，並保持300公尺短跑的世界紀錄。